בשנת 1977 החליטו ממשלת ישראל והסוכנות היהודית להפעיל במשותף את פרויקט שיקום השכונות לקידום שכונות מצוקה ברחבי הארץ. כעבור חמש שנים סיימה את מעורבותה הסוכנות היהודית, ואילו הממשלה, באמצעות משרדי הבריאות, החינוך, הרווחה והשיכון, המשיכה להפעיל ועדיין מפעילה את הפרויקט. פרויקט שיקום השכונות מבקש לספק פתרון מקיף ורב-ממדי לשכונות מצוקה באמצעות שיקום פיזי – השקעות בתשתיות פיזיות בבתים ובמרחב הציבורי, ושיקום חברתי – השקעות בחינוך, בריאות ובקהילה, בהתאם לצרכיה. במהלך שנותיו הקיף הפרויקט כ-160 שכונות ואזורי מצוקה ברחבי הארץ, בהם מתגוררים כמיליון תושבים.
בירושלים פעל הפרויקט במספר מוקדים, לאורך השנים. ב-1978 החל הפרויקט לפעול בשכונת עיר גנים (וקרית מנחם), קטמון ח'-ט', מורשה (מוסררה) ושמואל הנביא. בשנת 1979 צורפה שכונת הבוכרים ובית ישראל וב-1980 צורף רחוב שטרן. בשכונות אלו פעל הפרויקט במשך 15-20 שנים.
בשנות התשעים צורפו לפרויקט השכונות אולסוונגר-ברזיל (1993), פת (1994), בית צפאפא ושיכוני תלפיות (1995( ולב העיר (1991) בתחום הפיזי בלבד. בשנת 1998 החל הפרויקט לפעול במתחם שיכוני פאג"י (סנהדריה) ומתחם בתי אונגרין, אורנשטיין וורנר. על פי הנתונים העדכניים, מספר התושבים המתגוררים היום בשכונות בהן פועל הפרויקט בירושלים עומד על 50,000 תושבים (נכון לשנת 2006).
בעשור האחרון חלה ירידה בתקציבי השיקום הפיזי והחברתי בכל הארץ. ב-2007, בעקבות החלטת הממשלה, מרוכזים מאמצי השיקום הפיזי ב-37 שכונות, ואילו בתחום החברתי ממשיך הפרויקט לפעול ב-90 שכונות. השכונות הירושלמיות בהן הושהה הפרויקט בתחום הפיזי הן לב העיר, קטמון ח'-ט', בתי אונגרין ושכונת פת. השיקום החברתי ממשיך בעיר גנים ג', אולסוונגר-ברזיל ובפת, ואילו בבית צפאפא, שיכוני תלפיות ושיכוני פאג"י נמשכים הן השיקום הפיזי והן החברתי.