היעדים של מיזם 'עיר.אקדמיה' הם:

• הגדלת מספר הסטודנטים הלומדים בירושלים ל- 60,000 עד לשנת 2020.
• הגדלת אחוז הסטודנטים הנשארים להתגורר בעיר עם תום לימודיהם.
• יצירת 3,000 מקומות תעסוקה חדשים (ישירים ועקיפים) בסקטור ההשכלה הגבוהה בירושלים עד לשנת 2020.
• הגדלת חלקה היחסי של ירושלים בהכשרת סטודנטים לתארים מתקדמים (תואר שני ושלישי).
• הובלה במספר הסטודנטים הזרים הלומדים בירושלים מתוך שאיפה שעד שנת 2020 
  בירושלים ילמדו 50% מהסטודנטים הזרים הלומדים בארץ, ו-10% מהסטודנטים הלומדים בירושלים יהיו סטודנטים מחו"ל.
• הורדת אחוזי האי-מימוש (המועמדים שהתקבלו ללימודים במוסד להשכלה גבוהה בירושלים והחליטו ללמוד במוסד מחוץ לירושלים) בשיעור של 2% בשנה.