באוויר שאנו נושמים נמצאים חומרים מזהמים רבים, להם השפעות בריאותיות שליליות שונות. אוויר ההרים של ירושלים נקי באופן יחסי מחלק מהמזהמים, אך לצערנו עשיר מאוד במזהמים אחרים.
אחד מהמזהמים השכיחים באוויר ירושלים ואזורהּ הוא האוזון. שכבת האוזון באטמוספרה, בגובה של 10-50 ק"מ מעל פני הקרקע, חשובה לחסימה של קרינה אולטרה-סגולה המגיעה מהשמש. אך בגובה נמוך מהווה האוזון מזהם מסוכן, הנוצר מתגובה בין מזהמים אחרים, במורד הרוח – הרחק ממקורות הזיהום. נמצא קשר בין חשיפה לאוזון, לבין שורה ארוכה של בעיות בריאות, ובעיקר פגיעה בכלי-דם. בנוסף, פוגע האוזון בתנובה של גידולים חקלאיים, ותוקף פולימרים כגון גומי.
ריכוזי האוזון באזור ירושלים גבוהים ביחס לישראל, ובעיר נמדד בשנת 2007 ריכוז ממוצע שנתי של 35 חלקים לביליון (חל"ב) אוזון. הריכוז הממוצע הגבוה בישראל נמדד בגוש עציון, שם נמדדו 54 חל"ב. הריכוזים הנמוכים ביותר של מזהם זה נמדדו בגוש דן: בתל-אביב, ברמת-גן ובנתב"ג. ערכים דומים לממוצע שנמדד בירושלים נמדדו בשנת 2007 בבאר-שבע, בקריית-אתא ובנשר. רמת האוזון משתנה מאוד מיום ליום, אך ככלל רמות האוזון בימי הקיץ גבוהות יותר מאלו של החורף.
בניגוד לממוצע השנתי, הממוצע השמונה-שעתי (ממוצע של שמונה שעות) מודד אירועי זיהום נקודתיים. התקן השמונה-שעתי המקסימלי לאוזון בישראל עומד על 82 חל"ב. בגוש עציון נמדדו 9 חריגות מתקן זה בשנת 2007, ובירושלים חריגה אחת. חריגות מהתקן הן אירועים נדירים, ורק ב-8 תחנות (כולל ירושלים וגוש-עציון) מתוך 50 תחנות להן פורסמו נתוני האוזון, נמדדו חריגות.

ריכוזי אוזון ממוצעים בשנת 2007 בתחנות נבחרות:

מקור: ניטור איכות אוויר בישראל, דוח שנתי 2007, אגף איכות אוויר, מרכז ניטור אוויר ארצי, המשרד להגנת הסביבה