ארגוני המגזר השלישי הם ארגונים שאינם חלק מהמגזר הממשלתי או המגזר העסקי ושאינם פועלים למטרות רווח. מניתוח שערך מכון ירושלים למחקרי מדיניות לנתוני "גיידסטאר – אתר העמותות של ישראל" עולה כי ירושלים היא במידה רבה בירת המגזר השלישי של ישראל.
נכון לאוגוסט 2022, מספר הארגונים הרשומים בירושלים (3,740) גדול פי שלושה ממספר הארגונים הרשומים בתל אביב (1,210). הערים הבאות בדירוג הן בני ברק (1,050) ובית שמש (590).
מתוך כלל ארגוני המגזר השלישי הפועלים בישראל – 22% רשומים בירושלים (לעומת 7% בתל אביב) ו-29% פועלים באזור ירושלים (לעומת 20% באזור תל אביב).
למגזר השלישי תרומה עצומה לכלכלת העיר: התקציב השנתי של כלל ארגוני המגזר השלישי הרשומים בירושלים עומד על כ-27 מיליארד ש"ח (לעומת כ-14 מיליארד ש"ח בתל אביב), והם מעסיקים כ-165 אלף עובדים (לעומת כ-60 אלף עובדים בתל אביב).
עם זאת, רוב ארגוני המגזר השלישי הרשומים בירושלים הם ארגונים קטנים: היקף המחזור השנתי של למעלה מ-90% מהארגונים הללו אינו עולה על 10 מיליון ש"ח, ו-41% מהארגונים מתבססים על מתנדבים בלבד ואינם מעסיקים עובדים בשכר.
תחומי הפעילות העיקריים של הארגונים הרשומים בירושלים הם: דת (1,650 ארגונים), חינוך, השכלה והכשרה מקצועית (1,510), שירותי רווחה (550) וקהילה וחברה (360).
* הנתונים מתייחסים רק לארגונים בעלי אישור ניהול תקין בתוקף שהגישו דיווחים שנתיים בשלוש השנים האחרונות.