אמנון הוא היסטוריון ומורה דרך, חוקר במכון משנת 1989. נושאי מחקריו העיקריים הם אוכלוסיית מזרח ירושלים (מאז 1967), התושבות המזרח הירושלמית ובעיותיה, חינוך במזרח ירושלים, היסטוריה של ירושלים בעידן המודרני (מהמאה ה-19 ועד ימינו), פעילות הכנסיות והקהילות הנוצריות בארץ הקודש ובמדינת ישראל, האגן ההיסטורי של ירושלים והמקומות הקדושים (הר הבית, כנסיית הקבר ועוד) , גבולות העיר, גדר ההפרדה ומטרופולין ירושלים, צליינות ותיירות לירושלים.
אמנון משמש גם כסגן ראש המכון לחקר ארץ ישראל ויישובה ביד יצחק בן-צבי. בעל תואר ראשון ושני בהיסטוריה מהאוניברסיטה העברית בירושלים ותואר שלישי בלימודי ארץ ישראל מאוניברסיטת חיפה. הוא לימד באוניברסיטה העברית, במכללה האקדמית אשקלון ובמכון שכטר למדעי היהדות.
הר הבית / אל־אקצא: לקראת אובדן שליטה?
פרסום מס' 594
תושבים, לא אזרחים - ישראל וערביי מזרח-ירושלים, 1967-2017
פרסום מס' 470
ערביי מזרח ירושלים לאן? תמונת מצב והמלצות למדיניות
פרסום מס' 486
יחסם של מדינת ישראל והציבור היהודי לגווניו להר-הבית (1996-1967)
דפי רקע לקובעי מדיניות - פרסום מס' 3
בניית מדיניות חברתית-כלכלית לפיתוח מזרח ירושלים
מיפוי השכונות הערביות במזרח ירושלים
נוצרים ונצרות בירושלים ובמדינת ישראל
