ד"ר אמנון רמון חוקר במכון משנת 1989 ומורה דרך.
נושאי מחקריו העיקריים הינם: ירושלים בעידן המודרני (מן המאה ה-19 ועד ימינו); פעילות הכנסיות והקהילות הנוצריות בארץ הקודש; מדינת ישראל, הכנסיות ושאלת ירושלים; הר הבית מנקודת מבט יהודית; האגן ההיסטורי של ירושלים והמקומות הקדושים; אוכלוסיית מזרח ירושלים (מאז 1967); גבולות העיר, גדר ההפרדה ומטרופולין ירושלים, צליינות ותיירות לירושלים.
אמנון רמון הוא גם סגן ראש המכון לחקר ארץ ישראל ויישובה ביד יצחק בן-צבי ומרצה במכון שכטר למדעי היהדות.
תושבים, לא אזרחים - ישראל וערביי מזרח-ירושלים, 1967-2017
פרסום מס' 470
ערביי מזרח ירושלים לאן? תמונת מצב והמלצות למדיניות
פרסום מס' 486
יחסם של מדינת ישראל והציבור היהודי לגווניו להר-הבית (1996-1967)
דפי רקע לקובעי מדיניות - פרסום מס' 3
הר הבית / אל־אקצא: לקראת אובדן שליטה?
פרסום מס' 594
בניית מדיניות חברתית-כלכלית לפיתוח מזרח ירושלים
מיפוי השכונות הערביות במזרח ירושלים
נוצרים ונצרות בירושלים ובמדינת ישראל
